Juozas Vitkus gimė 1901 m. gruodžio 10 d. Ketūnuose (Mažeikių raj.). Vaikystė prabėgo Tirkšlių miestelyje. 1920 m. Vitkus įstojo į Kauno Karo mokyklą, 1924-1926 m. gilino savo žinias aukštesniuose karo technikos kursuose, 1929-1934 m. studijavo Briuselio (Belgija) Aukštojoje karo mokykloje. Po studijų užsienyje grįžo į Kauną, tarnavo Inžinerijos bataliono technikos viršininku. 1938-aisiais, gavęs pulkininko leitenanto laipsnį, pradėjo dėstyti inžineriją Karo mokykloje. Rašė į “Kardą”, “Karį”, “Mūsų žinyną” ir kt.

1941 metais, besitraukiant sovietams, Juozas Vitkus iššoko iš traukinio Vilniaus krašte ir grįžo į sostinę ir netruko prisijungti prie stiprėjančios pogrindžio kovos už Lietuvos laisvę, buvo Lietuvių fronto Vilniaus štabo narys, įkūrė ir vadovavo antinacinei “Kęstučio” organizacijai, dėstė pogrindinėje karo mokykloje.

Antrosios bolševikinės okupacijos metais plk. ltn. J. Vitkus visas jėgas skyrė partizanų veiklos organizavimui. Juozas Vitkus buvo vienas iš nedaugelio aukščiausio rango karininkų, kuris 1944 metais pats pasitraukė į pogrindį ir tiesiogiai partizanavo: įsteigė Dzūkų grupės štabą, parengė pirmuosius dokumentus, suformavo Merkio rinktinę, kuri po jo žūties pavadinta Kazimieraičio vardu. Vėliau įkūrė “A” apygardą, o 1946 m. pavasarį, kartu su Tauro apygardos partizanais suformavo Pietų Lietuvos partizanų sritį ir buvo išrinktas jos vadu.

1946 m. balandžio 22 d. pasirašė Lietuvos partizanų deklaraciją, skelbiančią valstybingumo atkūrimo principus, leido srities laikraštį “Laisvės varpas”.

1946 m. liepos 2 d. susirėmime su sovietine kariuomene Žaliamiškyje netoli Liškiavos (Lazdijų raj.) buvo sunkiai sužeistas ir po kelių valandų mirė. Bolševikai plk. J. Vitkaus žmoną Genovaitę su penkiais mažamečiais vaikais 1948 m. ištrėmė.